加盟申花的首个赛季，李玮峰与球队的磨合过程格外艰难。他后来回忆，或许是刚加盟时太过迫切地想证明自己，心态急躁之下，接连在比赛中吃到红牌。 2006赛季亚冠联赛，申花客场对阵韩国全北现代，李玮峰的红牌成为比赛的转折点。赛后在休息室里，吴金贵对他进行了严厉的批评，休息室门外的记者都清晰听到了教练的怒吼。李玮峰坦言，这是自己踢球多年来，第一次被主教练如此严厉地斥责。但回国后，当足协要求申花配合国家队，一同对李玮峰作出处罚时，吴金贵却坚定地站在了他这边。 也正因如此，即便被国家队除名，李玮峰在申花依旧佩戴着队长袖标，带领球队一路奋战，最终力压北京国安，拿下了当赛季中超联赛的亚军。 李玮峰在申花的三年时光里，2007赛季是他发挥最出色的一年。这一年，申花与联城完成合并，可李玮峰在新球队中的核心地位依旧稳固，他不仅重新回归国家队，年末还入选了国奥队大名单。 但2008赛季开始前，李玮峰与申花的续约谈判，让他与俱乐部高层之间产生了裂痕。 最终，联赛尚未开赛，他便被确定无缘球队首发。加之杜威与吴伟超的后防组合渐入佳境，更不利的是，他在该赛季登场的两场比赛中，申花均遭遇失利。很快，随着国家队世界杯预选赛与国奥队奥运预选赛的开启，李玮峰彻底与申花的首发阵容绝缘，甚至连18人大名单都难以进入，只能依靠国家队与国奥队的比赛维持竞技状态。 2007赛季，李玮峰与朱骏时常一起喝咖啡聊天，他也曾是朱骏在申花队内最信任的球员之一。而2008赛季前的续约谈判，为这段融洽的关系画上了句号。尽管2008年朱骏与李玮峰仍有过几次单独见面，可双方之间只剩客套。 赛季过半后，申花最终同意了武汉俱乐部的提议，以300多万元的价格将李玮峰转会至武汉。为了能顺利转会，李玮峰也放弃了自己在申花最后一年的大部分薪资。 离开康桥基地的那个下午，不知是有意还是无意，李玮峰没有从宿舍带走任何一件申花的训练服与球衣。这位申花队史引进的最大牌内援，最终以这样的方式，与申花黯然作别。谁也未曾想到，仅仅一年后，身披申花5号球衣的杜威，也步了李玮峰的后尘，即将离开康桥基地。 ——2010年1月20日《东方体育日报》
