洪武二十五年（1392年）四月至五月 ，蓝玉在平定土司月鲁帖木儿叛乱途中，擅自改变行军路线，驱赶士兵强渡白水江，导致数百士兵逃亡，他竟 擅杀逃兵 ，军中出现“蓝玉有反心”的传言。 蓝玉的覆灭并非一蹴而就，而是其长期骄横跋扈、多行不法，与朱元璋的猜忌之心相互作用的结果。 蓝玉为人骄横，曾因士兵夜间未能及时开门迎接，便下令 毁关而入 。他还强占东昌民田，将前来查问的御史赶走。其家中服饰器具多饰龙纹，私养兵马，僭越礼制。 洪武二十五年（1392年）八月 ，蓝玉的亲家、靖宁侯叶昇因“交通胡惟庸”的罪名被朱元璋处死。这一事件加剧了蓝玉的不安，使其产生“城门失火，殃及池鱼”的感觉。 洪武二十六年（1393年）二月初八 ，锦衣卫指挥使蒋瓛告发蓝玉谋反。朱元璋立即下令逮捕蓝玉。在审讯过程中，蓝玉起初拒不认罪，但在锦衣卫的酷刑逼供下，最终被迫招供。 “逆臣录”中蓝玉的供词: “我亲家靖宁侯征南征北，受多少苦，熬得做个公侯地位，也把他做胡党全家废了。我自征进回来，见上位好生疑我，料想他必是招出我来。不如我如今趁早先下手做一场，免致后患。” 洪武二十六年二月十八日 ，蓝玉被处死。朱元璋下令将他的皮剥下，填入草料，制成“人皮草囊”传示各省，以示惩戒。 中国明史学会会长商传在其著作中表示，朱元璋并未执行过剥皮实草。但《明太祖皇帝钦录》等史料记载，剥皮实草确实存在，是延续自元朝的刑罚。 蓝玉案的株连范围极广，朱元璋授意司法官员，将与蓝玉有过交往的将领、官员全部列入“逆党”名单。凡是曾在蓝玉军中任职、与蓝玉结为姻亲、或是仅仅与蓝玉有过书信往来的人，都被视为谋反同党，遭到逮捕诛杀。 案件从 二月初八到五月一日 ，历时80余天，一两万人被审讯、处决、株连致死。此案与1380年的胡惟庸案合称“胡蓝之狱”，两案前后被杀者约四万五千余人，明初的开国功臣几乎被一扫而空。
