菲律宾的极端主义能长期存在，主要应该是这几个原因： 1、历史与宗教矛盾根深蒂固： 菲律宾南部棉兰老岛等地区，穆斯林聚居的历史比天主教传入时间还要早，但长期存在被他人排斥感和不公待遇，这为极端思想提供了土壤。 2、经济上的落后与治理薄弱： 这些地区普遍很贫穷，发展也不均衡，政府管控能力实在有限，被形容为“缺乏管控的边境地带”。应该可以说是贫穷加绝望感是恐怖主义的温床。 3、地理环境太复杂： 南部岛屿众多，山林茂密，便于极端组织建立营地、训练人员并藏匿，政府军清剿很困难。 4、外部势力与资金渗透是关键： 从早期的“基地”组织到后来的“伊斯兰国”（ISIS），国际恐怖组织长期向菲本土组织提供大量资金、训练和意识形态上的支持。同时，边境管控疏松也方便外国武装分子的流入。 5、本土组织根基十分深厚： 像阿布沙耶夫这样的组织已活跃数十年，形成了成熟的网络组织，虽然政府持续打击，仍然难以根除。
