台湾蔡正元表示：“马英九在当台湾地区的领导人的时候，显然有纵容台独的嫌疑，他一上任以后，就通过了台独课纲，让台湾的历史教科书、地理教科书变成一个很标准的台湾中心主义者的教科书，而且在教科书里面大幅度的去中国化。 第二件事情，就是每一年的2月28号，他都会穿西装、戴领带，出席喻言民进党所举办的纪念活动，2.28事件，民进党把它视为台独的重要历史事件，马英九帮他们做宣传、调高，所以使得今天哦台独在台湾气焰高涨。 第三个被批判的证据是，马英九重用非国民党人，而且有台独倾向，明明就出身台独政党的人，担任很多重要的公事，任用的陆委会主委是100%的台独，马英九的思路是有问题的。”
