2001年，10岁的吕文君进入崇明根宝基地，为首批学员。基地条件简陋，训练场遇雨成泥地，往返市区需轮渡加公交耗时数小时。他性格内向，被称作“闷葫芦”，队友休息时他常独自加练射门。徐根宝曾提醒他，要多沟通才能成为核心。 2006年，17岁的吕文君代表上海东亚出战中乙，第五轮对阵宁波中豹打入球队职业队史首球，为头球破门。该赛季他贡献6球3助攻。 2007年中乙决赛，第89分钟吕文君接武磊传中头球破门，1-0绝杀火车头体协，助队夺冠升甲。 2009年全运会男足决赛，吕文君进球，上海队3-0胜广东夺冠，他赛后滑跪庆祝。 2012中甲赛季，上半程最后一轮补时最后一分钟，吕文君绝杀广东日之泉，助力球队冲超走势。同年，他以主力身份助上海东亚夺得中甲冠军，成功冲超。他与武磊、朱峥嵘组成前场攻击组合，被称为“文武峥嵘”；因身体与抢点特点，获称“崇明德罗巴”。 2013年，吕文君身披11号开启中超生涯。该赛季“文武峥嵘”组合联手打入26球，为中超少见的全本土锋线。 2014中超第二轮上海德比，吕文君倒挂金钩破门，进球后脱衣庆祝，被停赛4场。 2016亚冠客场对阵大阪钢巴，吕文君与武磊各入一球，球队2-0取胜；赛前对方主帅点名提防二人。 2017年6月3日，中超第12轮对阵辽宁沈阳开新，吕文君替补登场进球，完成代表球队中超100场里程碑。 2018年11月7日，中超第29轮对阵北京国安，第38分钟吕文君禁区左侧内切右脚远角破门，打破僵局，球队2-1获胜，提前一轮夺得队史首座中超冠军。该赛季他中超21次替补、7次首发，打入7球，成为球队“超级替补”。 2019超级杯，吕文君打入第二球，助力球队锁定胜局夺冠。同年10月，他入选国足选拔队集训名单，未进入东亚杯最终23人名单。 2023年7月22日，中超对阵河南嵩山龙门，吕文君接武磊回做推射破门，达成职业生涯百球里程碑。 2024中超对阵青岛海牛，吕文君替补登场，完成代表上海海港第500次出场，奥斯卡当场将队长袖标交予他。该赛季他随队斩获中超冠军、足协杯冠军，成就双冠王。 2025赛季结束，吕文君正式退役，职业生涯仅效力上海海港（含前身上海东亚），累计出战512场，贡献118球63助攻，随队4次中超冠军、1次足协杯冠军、1次超级杯冠军。退役后他返回崇明根宝基地，出任1314梯队主教练，传承“抢逼围、接传转”青训理念。
